El museo fue creado en 1982 y se encuentra emplazado en el Hospital de la Divina Providencia (El Hospitalito). Desde sus orígenes viene desarrollando principalmente su actividad dentro de las secciones de Arqueología y Bellas Artes. De la primera destaca su interesante colección de piezas paleolíticas, importante representación de materiales arqueológicos de la comarca de yacimientos como El Aculadero (Paleolítico Inferior Arcaico), considerado entre los más antiguos de Europa, la Laguna de Medina, etc. En esta sección es interesante reseñar el apartado paleontológico destacando restos de cetáceos, escualos y bivalvos procedentes de El Manantial (Terciario Final), así como mandíbulas y defensas de Elephans Meridionalis y Mastodontes de la Florida (Pliopleistoceno).
Del Neolítico-Calcolítico se exponen restos hallados en Cantarranas y Las Viñas, poblados del IIIº Milenio a.n.e. y primera población sedentaria de la zona.
La Edad del Bronce Final "tartéssico", del último milenio, refleja un poblamiento intenso, así como relaciones culturales con talasocracias del Mediterráneo Oriental. La torre de Doña Blanca y su necrópolis Las Cumbres, destacan por su importancia histórica. La primera es un tell con hallazgos de seis niveles de población que van desde el siglo VIII a finales del IV a.n.e., abarcando materiales arqueológicos del periodo fenicio orientalizante del Mediterráneo Occidental. De la necrópolis cabe destacar el túmulo número 1, con tumbas de incineración del siglo VIII a.n.e. La zona costera refleja un intenso comercio de los siglos V y IV, como muestran los restos que se exponen.
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